《新世纪福音战士（13Calling）》讲述了明日香驾驶的二号机和真嗣驾驶的初号机拼死对抗Seele和EVA系列。就在这时，此前飞出外太空的“朗基努斯之枪”正从月球高速返回地球，并停在了真嗣的初号机胸前，形成了伟大的“生命之树”形态。另一方面，碇源堂因为体内的“亚当”苏醒，一心想与拥有“莉莉丝”意识的零融合，完成自己成为“神”的夙愿，但却遭到零的拒绝。最终，零走向“莉莉丝”的躯体，并完成融合，使完全形态的“莉莉丝”最终苏醒。“莉莉丝”与“生命之树”相互吸引，人类即将迎来第三次冲击。