接到SEELE的指令，渚薰驾驶着二号机，来到地下室巨人的面前，却发现了另一个真相……于是他作出一个重大的抉择！另一方面，SEELE为了加快实行人类补全计划，有效击败碇源堂，开始全面进攻NERV，包括真嗣在内的EVA驾驶员们，生命也因此遭受威胁？！令人心跳加速的第十一集！