花森小学的六年级学生前往校外旅行的的地——京都。这座古老的城市也有“魔都”之称，传说是因为发生过许多神秘事件。谜野真实和宫下健太，还有以“挖掘新闻真相”为使命的新闻社社长青井美希，他们三人能否运用科学原理，找出隐藏在谜团背后的秘密？