一个有着天才智慧的少年谜野真实，一个缺乏科学基础的男孩宫下健太，他们将如何运用“科学”与“推理”，挑战各种不可思议的谜团？ 在解谜的过程中，跟着主角运用科学原理进行推理，找出隐藏在神秘事件背后的真相，学会各种科学知识，增进逻辑思维的能力。 谜野真实的父亲谜野快明在前往“居民全数消失之岛”后就失去音讯。他在前往该岛前留下一封信，并偷偷在福尔摩斯学校的个人研究室里留下线索，间接指出岛屿的位置。得知失踪父亲可能出现的岛屿所在地，真实与伙伴们即刻出发！