《山海经》的版本以清代刻本最多，明刻本次之，宋元刻本甚为稀少。今天所能见到最早的版本是北宋淳熙七年池阳郡斋刻本，现藏于国家图书馆。比较重要的刻本还有：明代成化四年北京国子监刻本，由于是国家刻书，此版刻工颇为精良，为诸家大图书馆所收藏；明代嘉靖十五年潘侃前山书屋刻本，为上海图书馆和浙江省图书馆收藏。此外，明代成化年间吴宽抄本《山海经》是迄今发现最早的明抄本，书后有吴氏所作跋，今藏于国家图书馆。由于吴氏书法精美，使该书的价值陡增。而现今流传较广的《山海经》版本有《四部丛刊》本和《二十二子》本等。