在由科学实验事故导致文明崩塌的废土上，人类的身体发生了不可逆的畸变，人口减少大半。幸存者受到畸变影响，分化成两个种族：身体与机械结合的“械人”，身体与动物基因混合的“兽灵”。随着时间推移，两个种族的文化差异逐渐加大，分别在废土上发展出自己的信仰，但矛盾也逐渐升级，引发冲突不断。 械人黑瞳石在寻找兽灵关的途中，偶然救下兽灵女孩桃桃枝月，并跟随桃桃枝月来到兽灵居住的村庄。在这里，黑瞳石被村民误认作对兽灵有恩的械人白木，他将错就错，帮助村民击退了其他械人的攻击。在得到村民的信任后，桃桃枝月带领黑瞳石前往兽灵关，他也由此得知了兽灵在此世代传承的使命——还原世界。