《吐鲁番考古记》内容分为文字版“吐鲁番考察经过”“遗物说明”和文物图版两部分，刊布了黄文弼两次在吐鲁番考察所获重要古籍和文书写本、钱币、拓片、壁画等珍贵资料。本书与《高昌陶集》《高昌砖集》合称“吐鲁番三部曲”，是吐鲁番研究的奠基之作。