《生物化学与分子生物学（第二版）》包括五篇共二十一章内容。第一篇为生物大分子的结构与功能，包括蛋白质的结构与功能、核酸的结构与功能以及酶与维生素，共三章。第二篇为物质代谢及其调节，包括生物氧化、糖代谢、脂质代谢、氨基酸代谢、核苷酸代谢及物质代谢的联系与调节，共六章。第三篇为遗传信息传递及其调控，包括DNA的生物合成、RNA的生物合成、蛋白质的生物合成和基因表达及其调控，共四章。除上述三篇基本内容外，《生物化学与分子生物学（第二版）》还根据医学学习要求，设置了两篇专题内容。第四篇为生物化学专题，主要涉及器官和组织细胞的生物化学，包括肝的生物化学、血液的生物化学和细胞信号转导，共三章。第五篇为分子生物学专题，主要涉及分子医学相关内容，包括癌基因与抑癌基因、常用分子生物学技术、DNA重组与基因工程、基因诊断和基因治疗、组学，共五章。除绪论对《生物化学与分子生物学（第二版）》内容做系统介绍外，各篇的首页均有引言，各章的开头也有内容提要，旨在帮助学生理解和掌握全篇的主要内容和各章的要点，每章后附参考文献和微课视频。