奇奇怪的同学小明，在埃及看到一个木乃伊在金字塔顶跳骑马舞，吓得住进了医院。奇奇怪用蛇吓唬他，以毒攻毒，令他恢复了正常。两人相约去参加少年武术班，遇到一个神秘的小女孩龙玲珑跟液态怪兽搏斗。因奇奇怪帮倒忙，液态怪兽跑掉了，小明也被抓走。可奇奇怪却因这次表现，得到了神秘老特工帅先生的赏识，加入了世界神秘怪案调查组织，专门破解与世界未解之谜相关的怪案。此时，液态怪兽袭击了神秘怪案调查组织的少年基地，所有小特工都被绑架。奇奇怪和龙玲珑接到任务，前往埃及的金字塔进行调查。一路上，他们屡遭狼人、吸血鬼、僵尸偷袭……他们的命运如何？能完成任务吗？