某海难救助公司接受委托，潜入某处浅海区打捞一艘沉船，结果连沉船影子也没有见着。十天后，少年侦探贤吉在神社森林里发现一个匆忙的人影。这人让他保管一只小铁箱，箱子里藏有当年的船长遗书、保险公司的证明书和到航海图。为寻找和打捞这批黄金，潜水员先后在沉船附近发现铁人鱼、鱼形潜水艇和巨型螃蟹等……