《漆黑的追踪者(上)》剧场版搬出了久违的“黑暗组织”，故事剧情主要讲述以东京为中心，发生了6件大范围的连续杀人事件。除了目暮警官、其他各县的刑警们，还有小五郎都参加了搜查会议。在机缘合之下，柯南偶然发现从会议场溜出的一位刑警乘上了一辆跑车。这毫黑暗组织中的一人乔装打扮混入，又能轻而易举的逃脱。黑暗组织他们的目的在哪里？故事在此刻一触即发！如果工藤新一还活着的事被琴知道了，不仅是新一，和他有关联的柯南和其朋友们也会被抹杀掉。知道事情的极度严重性后，柯南开始了单独搜查。