在“怪兽灾害”被视为与地震、台风同级别自然灾害的时代，为数不多的怪兽大国日本设置了怪兽对策专家集团“气象厅特异生物对策部”，简称“气特对”。为了准确预测各种怪兽的出现、最大限度地保障民众的安全，他们和自卫队合作，运用头脑与经验展开作战行动……