《问药2》接续第一部的故事，少年荣光意外得到了一个神奇的魔方，开始遇到各种有着不同欲望的人。 而他通过魔方向这些人提供各种不同的特制药物。服药之人的愿望或许能得到一时的满足，但他们也需要付出相应的代价。 不同药性的灵丹妙药，形形色色的患病之人，以及他们内心拥有着的各种渴求与希望……这些求医问药的故事在生活中时常上演。 同时，新的邪恶的卖药人出现，仙山“蓬莱”的故事进一步揭开它的帷幕。