遭受到使徒发动的侵蚀攻击，绫波零终于发现自己对真嗣的真心。为免初号机遭到攻击，零选择与零号机一起自爆！目睹这一切的真嗣悲痛莫名，却在不久之后收到“零依然生存”的消息？！不料，苏醒的零却似乎忘记了所有的事情，显得很好陌生，甚至说出了一句令美里和真嗣都大惑不解的话——“我可能是第三个”……这里面有什么重大的秘密吗？