小小的名侦探江户川柯南的真实身份是高中生名侦探——工藤新一。借住在女朋友小兰家，也就是[毛利侦探事务所]里，一边追踪把自己身体变成小孩的黑衣组织，一边解决着无数的困难事件。柯南他们正在调查组织的一员基尔，也就是水无怜奈，和小兰班里的转校生本堂瑛佑之间的关系。结果从平次那里找到了和瑛佑的过去有关的线索。那时瑛佑的爸爸是被[公司]雇用的，瑛佑有个和水无怜奈长得一模一样的亲生姐姐。柯南越来越怀疑瑛佑。真相到底是……？！