《本草纲目》本着取其古人之要义、为现代人所实用的原则，撷取《本草纲目》中最精华的部分，集中编纂而成。原著中，李时珍将全书内容分为“谷部”、“菜部”、“果部”、“木部”等，这种分类方法在当时世界上是独一无二的，《本草纲目》编纂时亦遵循了这种体例。