智伍接受了海洋研究所宫博士的邀请来参加海洋探险旅行。他在热带海洋的珊瑚礁中享受自由的潜水时，遇见了乘着独木舟横穿珊瑚岛的皮皮，而凯恩也带着菊石号来到此地。在《病毒世界历险记》和《人体历险记》中结缘的三个人再次相遇啦！皮皮有点嫉妒智伍少年冒险王的身份，智伍对此也有点介意。与此同时，利用希波克拉底号的技术制成的潜水器菊石号要试运行了。菊石号的试运行会取得圆满成功吗？随着菊石号的入水而一起失踪的智伍和皮皮究竟去哪儿了呢？