《我和他的萌事件》讲述了一对少男少女由于意外而互换了灵魂，从而引发的一个浪漫蚀骨的爱情故事。个性和能力都很平庸的美术班班长纱雅，各项全能的豪门贵公子青木亚矢，二人在一次意外中交换了灵魂。两人不得不用对方身体面对完全不一样的人生，也正是这样，两人之间不可避免地产生了很多矛盾和冲突。最终，他们在这些矛盾与冲突中渐渐认识到了彼此的美好内在。