凯糊涂老师带着科学小组的孩子们去植物园找蔡博士，但到了植物园后发现，植物园被变异植物淹没了，蔡博士也被变异植物打晕。原来蔡博士发明了一种能让死去的植物复生的药水，如果药水不小心碰到其他植物，这些植物就会变得很好凶猛，会伤害人类。 凯糊涂老师带着孩子们再次乘坐神书飞船，踏上寻找变异植物的历程，接连不断的危机与探险，他们是否能找到“元凶”呢？