《国家税务局系统行政单位会计操作实务》分为十二章。第一章行政单位会计概述，介绍行政单位会计概念及任务、会计组织系统、会计人员的工作内容、会计信息质量要求等；第二章行政单位会计核算方法，介绍行政单位会计核算的特点及要求、会计要素和会计科目、记账方法、会计凭证、会计账簿和账务处理程序等；第三章资产，介绍现金、银行存款、零余额账户用款额度、财政应返还额度、有价证券、暂付款、库存材料和固定资产的核算；第四章负债，介绍应缴预算款、暂存款、应付工资（含离退休）、应付地方（部门）津贴补贴和应付其他个人收入的核算；第五章净资产，介绍固定基金和结余的核算；第六章收入，介绍拨入经费和其他收入的核算；第七章支出，介绍拨出经费、经费支出和结转自筹基建支出的核算；第八章会计报表，介绍会计报表与编制；第九章会计报表分析，介绍会计报表分析的基本内容、步骤及工作流程、方法、主要指标和分析实例等；第十章会计档案、会计工作交接；第十一章划转撤并单位的财务处理；第十二章会计处理实务。此外，《国家税务局系统行政单位会计操作实务》还在附录中收集了部分与行政单位会计工作相关的法律、法规和制度，便于财务人员日常查阅。