神秘的甄苇大博士突然回来了，孔东东借助甄苇大博士发明的“大大粉”，把西红柿和宠物狗都变成了巨型物种，并且也把自己变成了巨人。变成巨人的孔东东被关在动物园里，他想凭借酸梅糖的神奇力量让自己摆脱困境，没想到酸梅糖却在紧要关头失灵了。幸好，甄苇大博士还有新的发明——想去哪里就去哪里的斗篷和能让时间倒流的手表。有了这两样“法宝”，孔东东和孔西西踏上一段不可思议的旅程——他们来到深夜的图书馆，进入了一个又一个的童话世界里……