《保卫萝卜恐龙漫画：神庙的秘密》讲述了：萝卜阿呆被可怕的梦境困扰，来到恐龙神庙祈祷。机缘巧合之下，易碎双腔龙和阿呆的灵魂互换，发生了各种各样的趣事。萝卜阿波和阿秋决定帮助易碎双腔龙和阿呆换回灵魂，于是召唤出恐龙扭蛋机中的恐龙幻影，开启时空门，来到了遥远的返祖空间。在恐龙长老的帮助下，易碎双腔龙和阿呆的灵魂终于回到了正确的身体里。同时，恐龙长老提出了一个条件，要求易碎双腔龙返回地球，继续收集地球生物的智慧结晶。应恐龙长老的要求回到地球之后，易碎双腔龙才恍然大悟，原来这是恐龙长老的阴谋——一个恐龙侵占地球的可怕阴谋！