《功夫熊猫来了：长毛兽与毒牙怪》分为《盖世第六侠》和《毒蛇之牙》两个故事，讲述师父、阿宝和盖世五侠如何学会放下偏见，相互尊重：首届和平谷锦标赛开始了，阿宝和盖世五侠将与玛瑙寺的功夫高手们展开对决。师父误会大家认为他老了，突然宣布要参加比赛。比赛中，阿宝的队伍因为师父的加入状况百出。玛瑙寺的师父们抢到了锦旗，却没想到被一个神秘的高手打成了重伤。师父惊讶地发现这个高手竟是当年自己打败的那个刺杀陛下的叛徒，他在被流放后练成了“五雷摧心掌”，要找师父报仇。师父能打败他吗？锦标赛的结局又会如何？……和平谷新修了水渠，村民们兴奋地等待着供水，但工匠们却在林子里发现了一条可怕的毒蛇。师父派了阿宝和灵蛇前去探查，谁料灵蛇却投靠了那条毒蛇，要帮他在供给水里下毒，阿宝和灵蛇的友谊因此遇到了前所未有的危机。灵蛇真的变坏了吗？还是其中另有隐情？又一场功夫对决开始了……