离开了元朝，墨墨和小伙伴们来到了明朝。经历了朱元璋称帝、朱棣的靖难之变夺位，又遇见了郑和下西洋的船队。最后，他们偶遇了正在试药的医学家李时珍，亲眼见到了伟大的药学巨著《本草纲目》。在明朝，小伙伴们不仅遭遇了大火，还掉进了海里，多亏了金魔方以及航海家相救，他们有惊无险……