中医理论体系中，还有一些疑难或有争议问题需要深入探讨。例如：整体观念为何只在中医学中有？人体之气与宇宙本原之气有无区别？三焦是腹中的六腑之一还是人体上中下部位的划分？燥邪是属阴还是属阳？阴虚水肿能用“阳气与阴液”这一对阴阳关系解释的了吗？咽干声嘶乏力诊断为气阴两虚合理吗？等等。孙广仁主编的《孙广仁中医基础理论讲稿》，将这些疑难问题一一详解或讨论，起到了解惑的作用，并可启发学生或读者探究问题的兴趣，培养他们的探索能力。