《黑天鹅紫水晶》讲述的是一个野生黑天鹅家庭的故事。一个名叫紫水晶的黑天鹅，她的丈夫为了保护她和五个正处于孵化期的孩子，不幸牺牲了。此时，动物学家约翰•威廉斯，为了继承祖先留下的羊皮卷上的遗产，来到天鹅岛上，意外的与紫水晶相遇了。紫水晶在约翰•威廉斯的帮助下，成功地孵出了她的孩子，并且在约翰•威廉斯的帮助下，战胜了袋狼、袋獾、针鼹的袭击，但是，最终没有躲过楔尾鹰的利爪，用生命保护了自己的孩子……