《南京大屠杀史》内容分为九章：第一章：南京保卫战；第二章：震惊中外的日军大屠杀；第三章：大规模的日军性暴行；第四章：日军的抢劫纵火与破坏；第五章：南京安全区国际委员会的救援；第六章：日军统制下的南京；第七章：中方对南京大屠杀的报道与揭露；第八章：国际社会及日方对日军暴行的反应；第九章：战后调查与审判。