柯南和伙伴们在东都水族馆观光时发现一名受伤的失忆女子。柯南等人答应帮她恢复记忆。但在相处中，女子非凡的身手让人对其身份产生怀疑。然而谁都没想到的是随着女子记忆的恢复，自己将被卷入一场“恶梦”之中……柯南、FBI调查官——赤井秀一、公安警察官——安室透与令柯南身体缩小的罪魁祸首——琴酒所属的黑衣组织将上演一场*对决。