全书采取“专题-探究”结合的方式，将这段历史分为“对南京保卫战的分析”、“对日军暴行的思考”、“对安全区的解读”、“对历史的反思”、“对国家公祭的认识”五部分，设置了课堂阅读、自主阅读、自主思考等环节，以典型历史材料和相关解读对这些专题进行全方位、多角度探讨，力图通过探究和思考这些具有思辨性的专题，提升历史思维能力，进一步形成善待生命、追求和平的人文主义精神，以启发学生对中华民族及全人类命运的深层思考。