微生物也可通过生物降解的方式，以自身产生的各种各样的酶，将人们在生活和生产中产生的各种有害的污染物，分解成有机肥料的无害化合物。微生物在为自己提供营养物质，供生长和繁殖的同时，也为人类消除了各种污染物，在保持自然界的生态平衡中起着重要的作用。