《托马斯和朋友一定有办法:糟糕!特别车厢不见了》围绕图书主题进行改编。故事中的小火车们在多多岛的铁轨上努力地为大家工作、服务。在他们工作的过程中，遇到了很多的问题，虽然这些问题有些很棘手，但小火车们依靠自己的智慧和同伴们一起想办法，最后得以解决问题。