吴小安研究方向为东南亚近现代史与华侨华人史。英文专著《华人商业与马来属帮的形成》（ChineseBusinessintheMakingofAMalayState，1882-1941；英国Routledge出版社，2003年；新加坡国立大学出版社，2010年新版）荣获提名并最后入围美国“亚洲学会”（AssociationforAsianStudies）2005年度东南亚研究著作奖“HarryJ.BendaBookPrize”全球六部著作的短名单。出版中文专著《区域与国别之间》（科学出版社，2021年），共同主编四本著作，主持两卷本合作译著《东南亚的贸易时代》（商务印书馆，2010年；汉译世界名著版，2013年），以及在海内外著名学术专业出版社发表中英文专书章节、论文多篇，包括剑桥大学出版社、杜克大学出版社、京都大学出版社、荷兰Brill出版社和新加坡东南亚研究院出版社等。