不久的未来，人类在与病毒性寄生生物“原肠动物”的战争中败北。他们被驱逐至狭窄的领土中，带着恐惧与绝望苟且偷生。在如此封闭幽暗的世界——居住于东京地区的少年莲太郎，作为对抗原肠动物的专家——“民警”的一员，从事着危险的工作。他的搭档则是有点早熟的小女孩——延珠。以特殊能力战斗的两人，某天接获了政府的特别命令。内容则是防止东京毁灭的高度机密任务……