本草纲目以药物的天然来源及属为纲把药物分成十六部;同一部的药物又以相近的类别为目，全书分六十类目。这一本草条目的分类叙述方法，是在原有本草书基础上的创造发展它条分缕析，读者可一目了然。更重要的是本书的分类方法具有相当高的科学价值。