《汉方诊疗三十年》收集的验案以治疗所使用的方剂为中心进行分类编集，例如第一章从桂枝汤开始，列举了桂枝汤及其加减方的验案。其他章亦如此。但是在一个病案治疗过程中，有时随着病情的变化，方剂也随之改变。为了阅读检索方便，另外设列了证候、病名索引和方剂索引。证候、病名索引各项下的数字，是病案的序号，表示在该序号所示的病案中出现该证候或病名。