第一部《纸手铐》讲述的是司法意义上的实体囚牢，主角是五个刑事嫌疑人牢里和牢外的故事。第二部《纸牢笼》叙述的则是台湾日治时代改建的国民党保密局的囚牢以及精神病院囚禁病人的特殊囚牢乃至中共谍战人员穷尽一生要逃离的整个台湾岛这所巨大的“绿岛”囚牢，主角是两岸的谍战人员。第三部《纸篱笆》的主角同学们有的身陷囹圄，有的被囚禁在山洞里失去了人身自由，还有的被套在道德和情谊的枷锁里，备受人性的煎熬。纸系列三部曲每部单独成篇，情节互不关联。