《黑哨:足坛扫黑调查手记》以明线和隐线双轨纪实叙述，明线中有全国媒体公开报道的一些信息，也引用了新浪网网民的反应和一些个人的精彩评论，旨在证明全国大众都参与了这场反黑战斗。隐线是主体部分，则以调查手记的形式叙述作者追踪黑哨的独家内幕，有不少是鲜为人知的“秘密”和外界广为猜测但难知内情的“谜团”。