全书共分九部分53章，大致可分为总论和各论部分。总论部分是全书的特色，也是精华。总论部分列出了一些临床热点问题，包括急腹症的处理原则和挑战、炎性肠病的免疫学和治疗进展、炎性肠病的手术相关问题、肠系膜血管疾病的处理流程、妊娠相关消化病、影像学原则、免疫缺陷患者的胃肠道表现等。各论部分详细介绍了食管疾病、胃病、小肠疾病、结直肠疾病、肝脏疾病、胆管疾病的一般情况、临床表现、病理变化、诊断与鉴别诊断、治疗方法，以及病程和预后等知识，还有专门一章介绍内镜诊疗技术。